يعد المقر الرئيسي في جنيف هو المركز الحيوي لمفوضية اللاجئين، ويضم خمسة أقسام، هي: المكتب التنفيذي الذي يرأسه رود لوبرز، وإدارة الحماية الدولية، المنوط بها تنفيذ التفويض الرئيسي للوكالة وهو توفير الحماية، وإدارة العمليات، التي تغطى جميع البرامج الميدانية، وقسم الاتصالات والمعلومات، وقسم إدارة الموارد البشرية.